본 연구소는 보건학 전반에 관한 연구와 조사통계 및 연구결과의 보급향상에 관한 업무를 수행한다. 연구소의 운영에 관한 중요한 사항은 소장, 부소장과 운영위원회가 심의하고 결정하며, 일부는 보건대학원 전체교수회의의 재가를 거쳐 집행한다.

연구소는 1개의 연구사업단과 모두 7개의 연구센터를 두고 있으며, 연구소는 연구사업단과 연구센터의 운영을 지원한다.